Jure Pražnikar je bioinformatik, specializiran na področju visokozmogljive obdelave podatkov in analize obsežnih bioloških podatkovnih nizov.

Njegovo raziskovalno delo se osredotoča na uporabo teorije grafov v analizi strukture beljakovin, s ciljem pridobiti strukturne in funkcionalne vpoglede prek pristopov, ki temeljijo na omrežjih. Razvija predvidljive modele za razumevanje kompleksnih bioloških sistemov in integrira različne podatkovne nize za odkritja, ki temeljijo na podatkih.